时冀州牧同郡韩馥派人接荀彧，却无人相随。荀彧只得独自将宗族迁至冀州避难。到冀州后，冀州已为袁绍所得，袁绍见荀彧来，待之为上宾。荀彧弟荀谌和同郡辛评、郭图都在袁绍手下。荀彧却见袁绍“终不能成大事”于是离袁绍而投曹操。曹操见荀彧来投，大悦，说：“吾之子房也。”
当时董卓威陵天下。曹操问计于荀彧，荀彧说：“卓暴虐已甚，必以乱终，无能为也。”后董卓派李傕等出关东，虏略各地，至颍川、陈留而归。荀彧乡人多数死于战乱。
初平三年，曹操领兖州牧，后为镇东将军。荀彧则以司马身份随其征战。曹操东征陶谦，张邈、陈宫乘机在兖州反曹，暗中迎接吕布。时荀彧和寿张令程昱守鄄城，吕布到后，张邈派刘翊告诉荀彧：“吕将军来助曹使君击陶谦，宜亟供其军食。”众人疑惑，唯荀彧知其计，立即命令军队加强防，并急召东郡太守夏侯惇。而兖州诸城皆响应张邈，投靠吕布阵营。当时曹操率大军出征，留守的兵力很少，而且很多人都与张邈、陈宫勾结。夏侯惇到后，乘夜诛杀谋反者数十人，军心乃安。
豫州刺史郭贡受吕布煽动，率众数万来攻，军中甚惧。郭贡要求见荀彧，荀彧准备前往，夏侯惇等人说：“君，一州镇也，往必危，不可。”荀彧说：“贡与邈等，分非素结也，今来速，计必未定；及其未定说之，纵不为用，可使中立，若先疑之，彼将怒而成计。”荀彧出城会见郭贡，郭贡见荀彧毫无惧意，认为鄄城易守难攻，引兵而去。荀彧又与程昱定计，保全了范、东阿。卒全三城。不久，曹操回师濮阳击败了吕布。这次荀彧又一次救了曹操，保住了曹操的根基。如果曹操这次没有荀彧和程昱的死命保城，曹操可能会像刘备一样，落得个半生飘零的下场。…。
曹操击败侵入定陶的吕布军。又向驻军巨野的吕布部将发动攻击，吕布亲自援救，被曹操击败，撤退而走。曹操歼灭巨野守军，乘胜进驻乘氏。
此时，徐州牧陶谦已死，曹操获悉后，打算趁机夺取徐州，再回军消灭吕布。荀彧劝阻说：“昔高祖保关中，光武据河内，皆深根固本以制天下，进足以胜敌，退足以坚守，故虽有困败而终济大业。将军本以兖州首事，平山东之难，百姓无不归心悦服。且河、济，天下之要地也，今虽残坏，犹易以自保，是亦将军之关中、河内也，不可以不先定。今以破吕布，若分兵东击陈宫，宫必不敢西顾，以其闲勒兵收熟麦，约食畜谷，一举而布可破也。破布，然后南结扬州，共讨袁术，以临淮、泗。若舍布而东，多留兵则不足用，少留兵则民皆保城，不得樵采。布乘虚寇暴，民心益危，唯鄄城、范、卫可全，其余非己之有，是无兖州也。若徐州不定，将军当安所归乎？且陶谦虽死，徐州未易亡也。彼惩往年之败，将惧而结亲，相为表里。今东方皆以收麦，必坚壁清野以待将军。将军攻之不拔，略之无获，不出十日，则十万之众未战而自困耳。前讨徐州，威罚实行，其子弟念父兄之耻，必人自为守，无降心，就能破之，尚不可有也。夫事固有弃此取彼者，以大易小可也，以安易危可也，权一时之势，不患本之不固可也。今三者莫利，愿将军熟虑之。”
曹操采纳荀彧的意见，放弃进攻徐州的企图。抓紧战机，收割熟麦，储存粮秣，积蓄实力。
不久，曹操以少胜多，大败吕布，吕布连夜弃营撤往徐州。曹操乘胜攻取定陶城，并分别派出部队收复兖州各县，兖州遂平。此战的获胜，对曹操以后统一北方，成就大业，具有重要的意义，荀彧功不可没。
建安元年，随曹操击败黄巾军。七月，汉献帝刘协在杨奉、董承等护卫下，从长安返回洛阳。在要不要奉迎天子建都许县的问题上，曹军内部发生了争执。多数人不同意迎接献帝，理由是“山东未平，韩暹、杨奉新将天子到洛阳，北连张杨，未可卒制”。
荀彧则对曹操说：“昔晋文公纳周襄王，而诸侯景从；高祖东伐为义帝缟素而天下归心。自天子播越，将军首倡义兵，徒以山东扰乱，未能远赴关右，然犹分遣将帅，蒙险通使，虽御难于外，乃心无不在王室，是将军医天下之素志也。今车驾旋轸？义士有存本之思，百姓感旧而增哀。诚因此时，奉主上以从民望，大顺也；秉至公以服雄杰，大略也；扶弘义以致英俊，大德也。天下虽有逆节，必不能为累，明矣。韩暹、杨奉其敢为害！若不时定，四方生心，后虽虑之，无及”。
曹操认为荀彧之言有理，遂应安集将军董承的秘密召请，亲率大军进抵洛阳，被任命为司隶校尉，奉迎献帝迁都许县。曹操被封为大将军、武平侯，荀彧也升为汉侍中，守尚书令。从此造成曹操奉天子以令诸侯的战略优势，并为其此后统一战争的顺利实施，奠定了基础。
这是荀彧撼古震今的一次谋略，曹操正因为采纳了荀彧的意见奉天子，才一举成为东汉末年最有实力的军阀，为以后所有战争打下了牢不可破的基础。…。
荀彧很少随军出征，而是“居中持重”，曹操虽然在外征战，但军国之事都由荀彧调度筹划。曹操问荀彧：“谁能代卿为我谋者？”荀彧说“荀攸、钟繇”。荀彧善于举荐人才，起初举荐了戏志才，戏志才死后又举荐了郭嘉。
自曹操迎天子后，引起了袁绍的不满。时袁绍雄居北方。曹操则东忧吕布，南拒张绣。建安二年正月，曹操南征张绣，大败而归。袁绍则更加骄矜溢，写信给曹操，辞语骄慢。曹操阅后大怒，诸将都说是作战不利的原故。钟繇因此问荀彧，荀彧说：“公之聪明，必不追咎往事，殆有他虑”。
见到曹操后，曹操将袁绍书信让荀彧观看，说：“今将讨不义，而力不敌，何如?”荀彧说：“古之成败者，诚有其才，虽弱必强，苟非其人，虽强易弱，刘、项之存亡，足以观矣。今与公争天下者，唯袁绍尔。绍貌外宽而内忌，任人而疑其心，公明达不拘，唯才所宜，此度胜也。绍迟重少决，失在后机，公能断大事，应变无方，此谋胜也。绍御军宽缓，法令不立，土卒虽众，其实难用，公法令既明，赏罚必行，士卒虽寡，皆争致死，此武胜也。绍凭世资，从容饰智，以收名誉，故士之寡能好问者多归之，公以至仁待人，推诚心不为虚美，行己谨俭，而与有功者无所吝惜，故天下忠正效实之士咸愿为用，此德胜也。夫以四胜辅天子，扶义征伐，谁敢不从？绍之强其何能为！”
荀彧这番话虽然对曹操赞扬得过分了些，但总约来说，还是比较符合实际的。他不受表面现象的迷惑，能抓住事物刘本质来作分析，这是很不容易的。
曹操闻后大悦，荀彧还说：“不先取吕布，河北亦未易图也。”曹操说：“然。吾所惑者，又恐绍侵扰关中，乱羌、胡，南诱蜀汉，是我独以兖、豫抗天下六分之五也。为将奈何？”荀彧说：“关中将帅以十数，莫能相一，唯韩遂、马超最强。彼见山东方争，必各拥众自保。今若抚以恩德，遣使连和，相持虽不能久安，比公安定山东，足以不动。钟繇可属以西事。则公无忧矣”。
正在这个时候，就当曹操有意荆州时，高谨却恰恰在徐州崛起，这让曹操很是担忧，而郭嘉、荀彧却要曹操南下荆州，趁机扩大自己的地盘。曹操采纳了他们的意见，带上荀彧，如今已拿下襄樊。
荀彧更像是一个战略家，而不是一个谋士，若简单的出谋划策，他比不过郭嘉，在急智方面亦是稍逊一筹，可是对时局的掌握能力却在郭嘉之上，荀彧阖目细思，脸色一变道：“主公，大事不妙，孙策军合并了张允，又占了江夏，如此一来，必然不会罢休，若是他们沿江而下，占江陵、荆南，该当如何？”
这一句话恰好说中了曹操的担忧，现在荆南、江陵各郡虽然已经臣服，可是假若江东郡突然出现，那些太守必然会惊慌失措，极有可能倒向孙策一边，而且水陆速度要快，若是江东军当真做如此打算，顺江而下，就算现在曹军从襄樊出发，恐怕也会比江东军晚到一步。
那些太守们投降，本就是迫不得已，在这种情况下，会作出什么选择呢？
曹操很是头痛的苦笑，若如此，这一次南下荆州，岂非是为江东军做了嫁衣？整个荆州就等于一分为二，宛城、襄樊等郡归曹操，而荆南、江夏等地则归了孙策，这对曹操来说，是不能容忍的事，他连忙道：“文若可有何策？”
荀彧苦笑道：“若是襄樊水师尚在，主公便可攻江夏，围魏救赵，可是张允投了孙策，江东军水师已无人匹敌，襄樊虽还有些舰船，却无力威胁他们。唯一的办法，只有派出一队骑兵前去江陵，若是孙策果真进攻荆州，荆南必然落于江东军之手，无论如何，也要保住江陵才是。”
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