厦门被独立军光复后，日本陆军弘前师团的师团长立见尚文中将算是比较聪明的一个，战斗才开始没有多久，他也不知怎么地，在卫兵地护送下高举白旗，居然让他摸到了一师二旅的旅部，直接向二旅旅长投降，避免了被杀的命运。

至于侵华日军的总指挥，山泽静吾大将就没有那么幸运了。日军崩溃后本也想自杀效忠的他，刀刃才横切到腹部，突然一颗炮弹打中了他的指挥部，让他当场就昏了过去。后来打扫战场的独立军士兵，从他的肩章上发现捡到个大官，也不管是大将、中将、还是豆瓣酱，反正往师部一送就算了事。

至此，从1904年7月11日到8月3日，历时二十三天的厦门战役结束。二十三天的战斗，日本侵华日军两个师团24000人，被我中国军民打死打伤14000人，俘虏10000人。民族独立军方面，伤亡3358人。

自鸦片战争起，中国军队首次在对外作战中取得了一场辉煌的胜利。

为了配合中国军事盟友在厦门取得的大捷，俄国旅顺守军在局部展开反击。决意先打好对俄战争的日本政府，打定主意要从福建战场抽身，将中国问题暂时放一放。8月6日，原日本驻上海领事馆总领事小田切万寿之助被撤除总领事职务，改由日本原驻汉口领事永泷久吉接任，希望能尽快与军政府达成和谈，营救出被俘的山泽静吾大将和一万多日军。

经过一个多月拉锯式的艰苦谈判，双方终于在9月12日达成了《九一二协议》。协议规定，军政府归还日本军舰“秋津州”号，并允许日方派人接收，必须于10月底前驶离上海；同时释放被俘日本官兵，归还阵亡日军将士骨灰。日本则以军舰保管费，俘虏饮食生活费的名义，象征性地给付军政府白银五万五千两。

对于这种变相性质的赔款，是李国勇必争的，哪怕只赔一两银子他也要！中国与列强历来的各种条约，从来只有赔款、割地，丧权辱国，这种让中国人蒙羞的事情，李国勇决意要从自己这里废止。

当《九一二协议》传回日本国内的时候，日本政府勃然大怒，认为赔款这一条严重损害了大日本帝国的尊严，虽然对已经生效的协议无可奈何，但还是当即又免除了永泷久吉的领事职务，再次改由山野吉明接任。一个多月的时间接连撤换两位领事，也算是开创了各国外交之先河了。

在李国勇的授意下，协议内容很快传遍了国内，继厦门大捷的喜讯之后，民众再次沸腾起来。多少年了，从来只有咱中国给洋人大把大把地赔银子，几时见过外国人从口袋里掏出银子来赔给中国？这时候的李国勇和他的军政府，威望达到了一个新的高峰。

李国勇恪守承诺，协议生效的第二天，立刻指示归还了日舰“秋津州”号，并开始分批释放俘虏。但日军俘虏中以立见尚文中将为首的三千多人，却因害怕回国后受到军事法庭地审判，而死活不愿意回去，这正中李国勇的下怀，三千多日军被李国勇集中在了一起，由军政府派出的政教人员对他们进行洗脑运动。

对于这些日军的去向，山野吉明数次对李国勇提出了抗议，但总是被李国勇以各种借口推托了过去。而立见尚文为首的三千日军，在未来数年后爆发的中日大战中起到了很大的作用。