军机阁也下设了三大部门，总参谋部，总装备部以及总后勤部，三部尚书大臣分别是熊廷弼、英国公张国维和原兵部侍郎梁廷栋，其中陈新甲、傅宗龙、孙元化等人在新成了的三部中分别都有任职。

暗影也面临重大的改组，周文元进入军机阁，任第一任帝国中央总情报司的司长（相当于侍郎衔！），李永贞的鹰组也改变职能，只要是对外派遣间谍和特工，获取包括敌国在内的一切情报，隶属总情报司，但独立在外！

这一些列的变动让许多人措手不及，几乎将朝廷原来的旧有体制完全打破，这是一场由上而下的制度变革，而且还是由皇帝主导的制度变革，具有非常深远的意义，被誉为大明开国以来最划时代的变革，让中华民族再一次站在世界巅峰之上具有里程碑意义，大明朝再一次焕发了无与伦比的活力！

后世史学家们声称，这一次对旧有制度的打破，他救了整个中华民族！

所有改革都在既定计划内有序的进行，改革是从朝堂之上开始的，由于朱影龙的绝对威信，阻力并不是很大，百姓对改革也大多持支持的态度，毕竟这一次改革更多的会个普通百姓带来更多的好处。

根据朱影龙自己的理解，封建社会，家国天下，朝廷也就是政府的职能是剥削者和拥有者，政府其实是决定者，他们可以决定百姓的生死、富贵贫穷等等，而资本主义社会，政府是一群利益需求者组成，他们是剥削者和管理者，百姓听话就能生存，社会主义社会，政府既是管理者又是服务者，百姓既能参与管理又能参与服务，共产主义社会也许会存在，社会在进步的过程中，政府的职能也在相应的转变，这种转变也是社会进步到了一个临界点而产生的巨大动荡或者革命，爆发战争，其结果是更进一步还是倒退这都是很难说的，机遇好的就会进步，机遇差的，不但不会进步，甚至会倒退，而在将来会造成更加严重的创伤！

中华民族就很不幸，本来已经快到了一个制度变革的临界点，由于统治者昏聩加上自然界的天灾，身边又崛起一个强大的敌人，最后历史在这里来了一个大倒退，这还是底子后才撑了几百年，不然早就被西方殖民者殖民了。

当然这么大的一次变革不可能一两天就能完成，在京城这一亩三分地上，朱影龙身为这座城池的主宰，自然是想怎么样就怎么样，凡是抗议的或者是反对阻挠改革的人通通一强硬手段处理，只要安抚好老百姓，这些人是闹不出什么花样来的，他还可以出动军队镇压！

杨鹤等不少顽固坚持守旧已拍也是十分的苦恼，不是他们行动太慢，而是皇帝动手的速度太快，根本不给他们商量出抵制新制度变革的时间，而等到他们想要抵制的时候，却发现身边已经越来越多支持变革的年轻官员，这些年轻官员并不完全是进士出身，他们大多是举人出身，朝廷规定，举人就可以为官，但举人出身的官员大多在基层，基本上不是进士就很难往上升，而这些举人大多数是从北京大学和清华大学提前毕业出来的。

原本杨鹤等人还在等着看皇帝的笑话，因为一下字扩下这么多部门，从哪儿找到那么多人组建新衙门？

就算现在开恩科也是来不及，而且组建新的衙门也不是一天两天的事，以往朝廷筹备一个新衙门起码也得半年至一年的时间，而朱影龙从下旨到把架子搭起来仅仅只用了三个月，再有三个月的时间就可以完成职能的架构以及内部的进一步充实和完善，正式参与到朝廷的管理当中去了。

当然，这期间的乱是可以预见的，而且一些撤销或者保留下来的衙门也不甘心交出手中的权力，因此矛盾将会非常尖锐，甚至因为口角之争发生动手动脚的流血事件。

而蓝蓉蓉也正是选择朝廷变革这个阵痛期的混乱制定了这个天衣无缝的营救行动计划，甚至还想在这混乱之中再添上一把火，只可惜功败垂成！

而李瑶入主禁军却成了新制度变革初步完成的阶段性标志。

打破原有的制度，建立新的制度，古来多少帝王都无法完成的事情居然让朱影龙轻而易举的完成了，这不能不说是一个奇迹，但这个奇迹的背后也有着一定的必然，首先变革是一个过程，如果他登基之处就这么干的话，必败无疑，等到他平定江南，整合国内军力，将全国的军队都牢牢的绑在他的身上，有这样一支力量支撑，还有减赋、免赋带来的民心和声望，民心所向，国内干戈平息，人心思定，这才实施新制度变革，可以说取得成功是必然的。